Bílé Karpaty se dílem nacházejí v termofytiku, dílem v mezofytiku v kolinním a suprakolinním vegetačním stupni.
Na konvexních svazích v nižší jihozápadní části území převládaly v přirozené vegetaci teplomilné doubravy asociace Potentillo albae-Quercetum (sv. Quercion petraeae). Perialpínské teplomilné doubravy asociace Corno-Quercetum (sv. Quercion pubescenti-petraeae) se vyskytovaly jen v omezené míře. Severně orientované, hlavně konkávní svahy hostily západokarpatské dubohabřiny asociace Carici pilosae-Carpinetum (sv. Carpinion), ve stromovém patře pomístně také s bukem lesním (Fagus sylvatica). Panonské dubohabřiny se pravděpodobně vyskytovaly jen ostrůvkovitě v kontaktu s perialpínskými teplomilnými doubravami. Lužní lesy asociace Pruno-Fraxinetum (sv. Alnion incanae) byly vázány na údolí potoků a malých řek. Na horských vrcholech a v severovýchodní části pohoří reprezentují potenciální přirozenou vegetaci bučiny svazu Fagion. Pozoruhodným jevem je absence jedle bělokoré (Abies alba) - ovšem vyjma nejsevernějších oblastí. Nejběžnější asociací je Carici pilosae-Fagetum. Ve větších nadmořských výškách je na podobných stanovištích nahrazena asociací Dentario enneaphylli-Fagetum a na acidofilních pískovcích asociací Luzulo-Fagetum. Příkré svahy jsou porostlé suťovými lesy asociace Aceri-Carpinetum (sv. Tilio-Acerion). Výskyt jasanových olšin asociace Carici remotae-Fraxinetum (sv. Alnion incanae) je omezen na malá svahová prameniště. Není zřejmé, zda v jinak lesnaté krajině existovalo přirozené bezlesí. Vyloučit to ovšem nelze, neboť sesuvy půdy byly hojné, existovala zde již zmíněná svahová prameniště a některé svahy si zachovaly stepní charakter až do druhé poloviny 20. století.
Polopřirozenou náhradní vegetaci představují suché nebo střídavě vlhké louky asociace Brachypodio-Molinietum (sv. Bromion erecti), známé svým druhovým bohatstvím. Ve vyšších nadmořských výškách jsou nahrazeny společenstvy svazu Cynosurion, hlavně asociací Anthoxantho-Agrostietum. Louky svazu Violion caninae se vyskytují jen sporadicky a pokrývají malá území. Podél říček, např. Olšavy, byla zaznamenána vegetace svazů Caricion gracilis a Oenanthion aquaticae. Křovinná společenstva náležejí převážně do svazu Berberidion, suchomilné křoviny svazu Prunion spinosae zůstaly zachovány jen velmi vzácně v nižších nadmořských výškách. Ve vyšších nadmořských výškách se vyskytují lesní lemy svazu Trifolion medii. Charakteristická vápnomilná plevelová společenstva svazu Caucalidion lappulae jsou zachována na úhorech a polích na některých místech v teplejší části regionu.
