Řeka pramení na jihovýchodních svazích Jihlavských vrchů v oblasti Křemešnické vrchoviny, teče jižním směrema pod obcí Písečné opouští naše území. Je pramenným tokem Dyje, a proto i kolometráž je s Dyjí společná. Plocha povodí Moravské Dyje činí na našem území 560 km2, délka sjížděného toku 36 km.

Moravská Dyje je za velké vody sjízdná od ústí Telčského potoka. Řeka v horní části teče mělkým údolím s lukami. Pod Černíčem se koryto prohlubuje, břehy jsou zarostlé vrbami, které za vyšší vody tvoří obvykle překážky v plavbě. Od Kostelního Vydří řeka teče pěkným údolím, v němž tvoří četné meandry s ostrými zatáčkami, občas se objevují i peřeje. Pod Dačicemi je spád zmírněm četnými jezy, které jsou občas sjízdné mebo se dobře přenášejí. Pod obcí Staré Hobzí začíná pohraniční pásmo, a proto je v této obci nutno plavbu ukončit.