Řeka pramení v Jaroměřické kotlině u městečka Rokytnice nad Rokytnou. Teče zprvu směrem jihovýchodním, od Biskupic v častých meandrech směrem východním a poblíže Moravského Krumlova se stáčí k severovýchodu a po krátkém úseku se vlévá zleva do Jihlavy u Ivančic. Plocha povodí měří 585 km2, délka sjížděného toku je 73 km.

Rokytnou lze sjíždět z Jaroměřic nad Rokytnou, kde má koryto šířku jen 2-3 m. Přibírá zde řadu vydatnějších potoků, z nichž některé odvodňují blízké rybníky. Toho lze využít k nadlepšení stavu při vypouštění rybníků. Rokytná zprvu teče otevřenou krajinou, před Příštpem vtéká do zalesněného sevřeného údolí, břehy jsou hlinité, porostlé vrbami. Řeka teče živě a od vodočtu se její tok napřimuje. U Pulkova se údolí rozšiřuje, v řece se však stále objevují peřeje. Za Biskupicemi se Rokytná probírá kamenitým korytem v zalesněném údolí, v řece jsou časté peřeje. Ve spodním úseku pod Vémyslicemi teče mezi hlinitými břehy již poměrně zvolna. Pod Moravským Krumlovem se objevují ještě mírné peřeje v hezkém údolí. Rokytná je sjízdná krátce, vždy při jarním tání nebo po vydatných deštích.