Vzniká soutokem říček Kamenice a Žirovnice u Jarošova nad Nežárkou severovýchodně od Jindřichova Hradce v Jindřichohradecké pahorkatině. Odkud až do Stráže nad Nežárkou teče směrem jihozápadním, potom se obrací k severozápadu a tento směr si zachovává až do Veselí nad Lužnicí na ř.km 74,5. Odvodňuje plochu 1 012 km2. Celý tok je sjízdný a měří 56km.

Nežárka je klidná nížinná řeka s poměrně stálým průtokem a malým spádem. Voda je nadržována četnými jezy, z nichž jen 4 mají vorové propusti. Okolí řeky tvoří zprvu louky, od Stráže nad Nežárkou pak nehluboké údolí, porostlé místy lesy, které se za Jemčinou otvírá.